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一是因为二号机水下活动能力有限，二是明日香不希望自己的爱机下水，所以她是久久没有和使徒交手。
不过使徒却已经迫不及待想要和亚当融合了，亚当就在航母里。
没错，就是航母里，准确地来说就在加持良治身边的手提箱里。加持虽然不知道自己手里的东西才是一切的关键，不过他知道这东西对SEELE和碇源渡很重要，只要把这东西送到碇源渡手里，他就知道一切的真相，所以不能有误。于是加持非常不讲义气地先跑了，驾驶航母上的战斗机溜走。
不过使徒似乎还是死脑筋地觉得亚当在航母上，所以它发动了攻击。
轰，巨鲸出水，洁白的使徒如魔鬼鱼一样冲出几十米，带出血红水花，如海底恶魔一般登场，跃起高度远远超过航母甲板的高度。因为是在海水中，浮力抵消了一部分重力，让这使徒大的过分。
虽然其他使徒也一样很大，可是这海水里的巨物却不讲道理，和航空母舰差不多大，只是半边身子上岸，就已经将航母甲板占据一半，眼看就要将二号机死死压在身下。
明日香也好罗素也罢都没有想到那使徒能跳出水面这么高，一时间也没有做出反应，只能眼睁睁地等待重量压下。
然而就在这个时候巨大阴影却突然消失了，大家只看到使徒的沉重的身体偏移了过去，从舰队船与船的空隙间离开，巨大的身体似乎也因为什么力量而被扭曲变形。
看到了，是超人。
红色的披风就好像是使徒生了红斑一样，小的可以忽略。
人类看着让他们绝望的使徒就这么轻松地在海面疾驰，都露出了蛋疼的表情，心说这到底是什么情况？
不仅仅是平移还上升了，使徒好像没有重量一般飞起来了。
“这就是超人？”舰队司令懵逼了。
美里糊涂了，她不知道超人这又是怎么了？之前虽然也出手，不过还没有如此直接对使徒的，最多的一次也是帮工人而已。
美里相信超人不是坏人，可是超人又强大又琢磨不定，所以大家才会这么担心。现在超人突然带走了使徒，更是让美里不明所以。
肯特也有自己的事情，这一次不仅仅是透视眼了，还要见血。
看到了，使徒身体里不属于使徒的东西好像是零件，遍布在这巨大使徒的身体各个部分，似乎本来就是它身体的一部分。
保护S2机关，其他的部分全部解剖将里面分部的零件取出。
在失重的太空，巨大使徒的尸块漂浮着，而肯特眼前就是从那巨大身体里取出来的所有的零件。这些零件上沾染了一些未知的能量，恐怕正是因为这些东西才让鱼使徒能有超越其他使徒的感应力，察觉到了亚当的位置。也是因为这种位置力量唤醒了伽娜塔继承的记忆。
而看着这些零件，肯特的表情非常不好，因为他似乎知道那只无形之手的主人了。是一个麻烦的家伙，现在肯特突然理解那些被自己欺负过的普通人了，遇到强大又不能沟通的人真的很让人讨厌。
当那些零件最后被拼凑在一起的时候，肯特也终于愈发确定了自己的猜想：“果然是他。”在肯特面前的宇宙里漂浮的赫然是一快手表。
一块已经不走时的表。
“播慢时钟的罪魁祸首终于找到了。”肯特看着那块旋转的表，是罗马数字的钟点，棕色皮革表带，在后面表盖上刻着几个字母：Everysecondisagift。
每一秒都是馈赠。
“曼哈顿博士。”那个不知廉耻的暴露狂。
量子之躯，量子反应，本体复制，记忆读取，移动空间，支配粒子，粒子毁灭，预知未来，分解重组，驾驭时间，创世等等都是曼哈顿博士的力量。
曼哈顿博士绝对是肯特没想到的人，更没想到的是他似乎早在自己之前就已经干涉多元宇宙了，并且在宇宙里遗漏了一些物品。
这只手表，应该就是曼哈顿博士转折的道具。
曼哈顿博士，本名是乔纳森，本来是冷战时期美国的一位物理学家，父亲是钟表匠，他从小就耳闻目染对精细的工作很有天赋。不过随着原子弹爆炸，他的父亲却改变了让儿子继承自己的想法，让乔纳森去学习物理。
乔纳森也不负所望成为了一名物理学家，虽然木讷不过优秀的才华还是让他收获了一位女同事的爱情。而一切都在1959年11月9日改变，为了取回给女友的礼物手表，他回到了量子转换的实验室里。
然而外面的科学家却没有注意到这点，于是惨剧，或者说转折发生了。
物理科学家乔纳森消失了，取而代之的是以乔纳森灵魂为基础而诞生的全新生命。因为从小进行精细工作，所以在失去身体而灵魂不灭的前提下，乔纳森谨记父亲教导‘一切坏掉的事物都可以被从新组装起来，只要记住坏掉的顺序和细节’。
通过一次次得试验，将神经骨骼，肌肉皮肤重新给构建了起来，而且还是用完全的基本粒子，瘦弱的科学家变成了蓝色荧光皮肤肌肉虬扎的大汉，同时他还非常不要脸地给自己装了一个比原版还要大的子孙根。
因为那时候已经进入了冷战，美国人为了让这位无所不能的蓝皮人成为威吓苏联的终极武器，所以美国政府叫他为‘曼哈顿博士’。名字来源于曼哈顿计划，这个计划是美国的核弹计划，因为这个计划让美国制造了地球上的第一颗核弹。
然而随着时间的推移，从非物质领域回归的曼哈顿博士却在迅速地流失人性，他的思维越来越远离人类，开始他还假装是人，可是到后来发生了一些事情，他对复杂的人类彻底失去了兴趣，于是他选择了离开地球，据说他是要去某个全新的地方建造让自己满意的纯粹生命体去了。
但能看穿过去未来的曼哈顿博士，其实已经是没有了任何的枷锁，成为了超脱物质世界的存在。
只要通过操控小小的基本粒子，曼哈顿博士就能任意改变任何的时间线造成无数平行地球，稍微用力就能突破多元宇宙的束缚凌驾多元宇宙继续他的旅行。
这个手表无疑就是曼哈顿博士来过的证据。
看着手表，肯特久久无语。他觉得他和曼哈顿博士应该是没有交集的，只是想到有人比他厉害而且随时可能干涉自己的生活，所以心里不好受。虽然肯特觉得自己是小人之心妒君子之腹，就算他站在曼哈顿博士面前，曼哈顿博士也不一定就会是敌人。因为曼哈顿博士已经不是物质生命体了，物质世界的事情只是他的兴趣却不是他的立足点，和肯特没有什么可冲突的。
可是肯特发现自己果然还是人类思维，嫉妒和多疑是不能避免的。同时肯特却在想，自己穿越是因为剑鞘希望重铸超人之剑收集知识，自己也希望通过穿越找到自己的活法，那曼哈顿博士又在为什么而在多元宇宙游荡？
是为了完美的生命，还是为了寻找自己的意义，或者只是单纯地观察？
滴答。
宇宙之中却突然出现了声音，这是直接从超人脑海里响起的，不过不是幻觉，而是秒针被拨慢了一秒。
“剑鞘，你看到了么？”肯特不可能随时随地开启超级视野看世界的各种物质的变化，不过剑鞘却一直在观察，所以超人需要剑鞘飞船的数据。
不仅仅看到了，而且非常清醒，因为这一秒就是剑鞘飞船减掉的，它使用了超人之剑留下的最后的力量。
改变了世界，同时确定了一下这块手表指向的坐标。