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随着李开芳部在城内白泽堂接应下顺利突入聚宝门，太平军分兵赶往其余城门，西面的水西门、汉西门相继被太平军攻占，各门外的太平军蜂拥入城，仪凤门外堵缺口的清军很快在内外夹击之下溃散。
城内团练头子张炳垣见势头不妙，带人想退往内城继续坚守，在半途被李开芳部太平军截杀，张炳垣身中数十刀而亡，算是便宜了这个儒奸。
掌控南门、西门的林凤祥、李开芳部分为两路继续清剿城内残敌，一路向鼓楼方向进攻，一路循金川门至神策门搜杀，经成贤街直指小营。
苏冀率领的一卒青年近卫军兵马跟在男营后面冲杀，但他们被分派攻打黄家塘一线。当苏冀领着一群兴奋得嗷嗷叫的少年兵冲到黄家塘街道上时，却见一顶蓝尼顶官轿在一群清军簇拥下仓惶逃窜，苏冀一看厉声喝道：“有官轿，里头坐的一定是大官！随我杀啊！”
扈从官轿的清军和轿夫只有十余人，见一片红丫丫的人群涌来，登时扔下轿子四散逃窜，仅有一个官吏留下来，扶出轿子里的人，背在身上便逃。那官吏背了一人，如何能逃得过苏冀这群身手矫健的青年兵？逃出不远后，两人被苏冀等人赶上，一阵乱刀剁翻，两人便做一堆死在那里。
苏冀上前细看，那官背着的人穿了一套寻常的袍服，却不是官服，不禁有些气闷，还道杀的不是大官。正在这时，赶上的青年军抓到几个逃散的兵丁，带过来喝问之下，几个兵丁才说坐在轿子里的那位正是两江总督陆建瀛。
闻言之后，苏冀大喜过望，没想到自己从前一个要饭的穷小子，有朝一日竟让能杀掉一个两江总督？回想起来，他仿佛还在梦中一般。喝命手下十余人带着陆建瀛的尸首回去报功之后，苏冀带着人马继续向前冲杀而去。
南京城乃是六朝古都，城垣分内城外城，内城便是原来的皇宫，和北京城一样，内城乃是满人、旗人、驻防八旗军才能居住的地方，是以南京百姓也称内城为满城。太平军突破外城之后，迅速扫清了外城的清军，将满城团团围住。
南京满城是原明朝皇宫旧城的缘故，所以城垣极其坚固，防御工事完备。因太平军所到之处，推行对旗人的无区别杀戮的政策，城中旗人自知无法幸免，只得与太平军死战到底，因此攻打满城的战斗，惨烈的状况前所未见。李开芳、林凤祥、罗大纲等部先后到了满城之后，四面环攻，大炮、火器像不要钱一般的朝着满城轰打，跟着组织了数次强攻，但城中旗人疯狂反扑，就连健壮妇女皆上城墙与太平军搏杀，老人孩子也在城墙上呐喊助威，太平军连续发动三次强攻，都被打败，阵亡两千人，双方尸体积尸与城平，满城墙头都被鲜血浸红。
萧云贵、左宗棠、洪韵儿带领太平军主力由正阳门、朝阳门开进城内，主力两万太平军带着三千斤大炮赶到满城城下。李开芳、林凤祥、罗大纲等将接住，禀报了攻城的战况，都言是否可以对城内的旗人劝降。
萧云贵有些为难起来，看了看身边的左宗棠和洪韵儿，只见洪韵儿也有些吃拿不准，看城头连老人孩子都在守城，可见旗人是抱着必死的决心守城，按照兵法为三缺一的战术来讲，给敌人留下一线生机，才是攻破坚城的要旨，否则将是杀敌一千自损八百的惨烈局面。
洪韵儿面色不忍的道：“要、要不答应旗人，投降的免死？”
萧云贵也有些心动，望着左宗棠道：“先生，这内城难打，不若招降一二，也可以减少我军损伤，不知先生意下如何？”
左宗棠捻着胡须淡淡的说道：“西王立志推翻满清，恢复汉制，西王自己也曾说过，有形的辫子好剪，无形的辫子难剪，西王以为咱们汉人在满清治下，最缺少的是什么吗？”
萧云贵一愣，沉吟道：“满清当年南下，中华敢于反抗的汉人菁英大多被杀，活下来的都是忍辱偷生之辈，华夏沦于敌夷之手后，更是逼迫汉人剃发易服，至今已然一百七十多年，汉人们已经忘了汉人衣冠是何摸样，更不知道我汉人数千年精神为何。”
左宗棠点点头沉声道：“不错，如今满人以华夏正统自居，但满人始终是少数，而我汉人万万，却甘心俯首为奴百余年，满清所凭正是他们那自大之心，反观我汉人却在百余年间，习惯了为奴为婢，已然没有了汉唐那犯我强汉者虽远必诛的气概。”说到这里左宗棠指着内城道：“那城内数万旗人，说实话与我等素未蒙面，于我等个人也素无仇怨，但他们是旗人，是原本管治我等的旗人，但我等必须要他们的命！这是为何？只因西王要反满兴汉，此刻还不能讲仁义。”
左宗棠看了看周身的太平军兵卒道：“这些兵卒都是汉家好儿郎，但他们还缺少对旗人、满人的蔑视，缺少我汉唐之时，汉人那股睥睨天下的气魄！反观旗人，一惯的看不起我们汉人，要是今日放过了这些旗人，他们一样的会以为我们汉人还是好欺负，这一仗要是我们服软，那旗人的威风依旧在，那从前我们杀的旗人就白杀了。在下以为咱们起兵之初，定要杀得旗人没有了主子的威风，让我汉人找回失去百余年的气概来，告诉他们谁才是这块土地的主人！要杀到旗人看到我们的旗帜就会害怕，就会没有勇气和我们为敌！等到天下大定之后，才是广施仁义，安抚他们的时候，而不是一见旗人抵抗甚烈，就转施仁义。他们屠杀各地义军的时候可讲过仁义？欺压汉人的时候可讲过仁义？当年入关的时候可讲过仁义？”
萧云贵心头一震，明白了左宗棠的话，也不奇怪平素爱护百姓的左宗棠为何会说出这样的话来，他始终是汉人，他爱护的是汉人百姓，历史上在平定陕甘之乱时，他对回匪就没有留手，一样的以杀止杀，以暴制暴。虽然对被杀的无辜之人来说，可能不公平，但现实就是这样，没有这个不公平，可能更多的人会遭受不公平，而且左宗棠眼下加入了太平军，干的就是驱逐胡奴，恢复汉家河山的事，要如何让旗人去掉主子爷的威信，如何重塑汉人的威望，似乎杀戮是不可避免的。就像左宗棠说道，放了这些旗人，准许他们投降不杀，旗人只会认为是自己抵抗有力，这些汉人害怕了，所以放了他们，而据对不会认为是汉人心怀仁义。中华儿女的这种仁义之心，似乎想来被世人所欺，就以为中国人好欺负，一直到后世还是这样，把中国人的仁义当作是软弱可欺，而左宗棠想要的不是这种软弱的仁义，他要的是强者的仁政。
想通此节后，萧云贵看了看洪韵儿，四眼妹虽然还是有些面色不忍，但也是默默认同了左宗棠的这种说法，若是太平军没有了对抗昔日主子的勇气，失败也就不远了。当下萧云贵抽出长刀来厉声喝道：“告诉全军将士，让城内这些清妖洗干净脖子等死，告诉这些清妖，胆敢反抗我太平圣兵的下场就只有死路一条！全军炮队全部给本王运到此处来，就算打光全部的炮弹，也要攻下内城！”诸将闻言都是涨红了脸，没有一个人再提招降之事，都是高声领命之后，各自安排战事去了。
太平军将各种火炮全都运进城来，大小数百门火炮围定内城，昼夜不停的施放，各种新研制出来的炮弹也都用上，此处成了检验这些炮弹的试验场，甚至匠人营的工匠们都到了阵前，直接观看炮弹爆炸效果，就地进行改进然后试射。
内城旗人士兵、百姓虽然抵抗十分凶猛、顽强，但抵不住太平军庞大的人力、炮火优势。萧云贵又将各军新兵轮批派上阵去，以车轮战术消耗清军，同时锻炼新军的战斗意志。就这样，内城惨烈的战斗持续了数日，旗兵在太平军不间断的攻打之下，竟有人在城头守御时力尽气竭而死。
随着城内旗兵、百姓日益疲累，城内的粮食、火药及各种守城器物日渐稀少，一股绝望的气氛笼罩着满城，每日战斗间隙，总能听闻满城内旗人们的啼哭之声，每日也都有精神崩溃者从城头跳下自尽。
第五日上，太平军集中炮火轰击一处城墙，竟将此处城墙轰塌，太平军各军趁机挥军猛攻，一举突破此处城墙。太平军突入内城，清军主帅江宁将军祥厚自刎、副都统霍隆武力竭阵亡、江南提督福珠隆阿战死，其余清将均为太平军所杀。太平军此役阵亡八千余人，伤近万人，比起自长沙分兵以来历次战役伤亡人数总和还要多，是以太平军深恨旗人，在全城开始捕杀旗人，并张贴告示云，但有擒得旗人者，赏银五两。于是城中的汉人都起来搜捕追杀旗人，旗人二万余人几乎全部被杀，太平天国西殿太平军在付出两万人伤亡的惨痛代价后，全面占领南京。