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在政事堂的召集下，两制以上大臣很快来到垂拱殿，其实最近的事情在东京城传的沸沸扬扬，作为两制以上的大臣，他们自然是知道这些事的，政事堂忽然急召两制以上大臣，想来就是因为此事了。
臣子们来到垂拱殿，案卷已经摆放好了，赵佶说道：“诸卿请看吧！”
一众臣子们翻看案卷，垂拱殿里只有翻阅案卷的声音，半晌后，范纯礼长叹一声，说道：“国朝未有之大案，国朝未有之丑事！”
孔家做出的这些事，确实是出乎很多人意料，其实什么欺压百姓，霸占田产，都在臣子们的容忍范围内，毕竟就算是圣人苗裔，也总有几个不肖子孙吧，但是私藏甲胄弩弓，伏杀朝廷大臣，这就是不可容忍了。
韩忠彦说道：“官家已经决定设置勘院，专司其事，务必要审明真相，给天下一个交代！”
这么大的案子，设立置勘院来审理，也是正常。下面就是选拔干吏来审断此案了。
苏辙突然提出一个问题：“官家，此案一干人犯，数量甚多，押赴东京，关押于何处？”这确实是个问题，孔家案涉的人员可不少，一律押到东京来，关押于何处，确实是一个问题。
赵佶首先让范纯礼和苏辙介绍开封各处的监狱，开封府内的地方监狱有府司监狱、左右军巡院狱和左右厢监狱，殿前马、步军司狱以及四排岸司狱等。这些监狱首先被排除在外，因为这些监狱鱼龙混杂，容易串供或者自杀等等，而且防守不严，容易走漏消息。
殿前马步司狱是专门用于关押犯罪的士卒武官的，也不适合。
除此之外，就是刑部狱、御史台狱、大理寺狱，当然还有两个特别的监狱，一是宗人府狱，这关押犯罪的宗室，可以排除，还有就是皇城司狱。
赵佶的本意就是将他们关押于皇城司狱，一来是皇城司狱戒备森严，可以保证人犯不发生意外，保障案件正常审理。二是将人犯关押于皇城司狱，就在赵佶的掌握之中，万一有变故，赵佶也能及时弥补。
但是大臣显然不希望这些人犯关押于皇城司，很显然，很多大臣还是认为，这些口供说不定是皇城司刑讯逼供来的，大家都是做过州县官吏的，大宋的州县官吏审断案件时尚且随意用刑，皇城司这些人什么鸟样，大家都清楚。
故而大臣们都主张将人犯羁押于大理寺狱。
因为刑部狱关押了大批州县送来的死刑待决罪犯，也是鱼龙混杂，并不安全。御史台狱是为了关押犯罪官吏设置的，虽然条件尚好，但是过于宽松，而且恐怕也不够关押这么多人的。
唯有大理寺狱，戒备森严，规模庞大。大理寺狱作为中央监狱，负责审理三司及诸寺监等处，除本司公人杖、答罪非追究者以外的各种案件。官员犯法者“体大者多下御史台，小则开封府、大理寺鞠治焉’。大理寺监狱的管理有着严密的制度。犯人入狱前必须经过严格地检查“凡金刀若酒及纸笔、钱物、瓷器、柞棒之属，皆不得入”待犯人入狱后，严禁狱官、狱吏泄漏狱情。
和东京其他监狱不同，在设立大理寺狱时，就考虑了保密，大理寺右治狱规定“系公人泄露狱情杖一百”。狱卒的使用遵循回避法“大理寺手分、狱子，令本寺于外州军差拨”最大程度上保证了保密性。
赵佶思考了一下，说道：“除主犯及孔家嫡支关押于皇城司狱外，其余人犯，关押于大理寺狱，不得虐待，不得法外施刑！”
接下就是考虑置勘院的组成人选了，先考虑排除哪些人，韩忠彦认为：“纠察在京刑狱司、大理寺、皇城司及中官不得预置勘院。”
大理寺不参加很简单，因为大理寺是复核机构，置勘院作出判决后，由大理寺和纠察在京刑狱司复核后，就可以上报赵佶和政事堂批准了，而且皇城司、大理寺现在都关押人犯，为了避免法外用刑，故而他们不参加。
纠察在京刑狱司相当于巡视组性质，纠察在京刑狱司对御史台、开封府、大理寺、中央的诸寺监、左右外厢、三排岸、马步军司、临时诏狱等二十余处在京的司法机构有纠察的权力。其中御史台、开封府、大理寺以及临时诏狱是常见的诏狱审理组织，纠察在京刑狱司对其的纠察权，实际上也就是对诏狱的监督权。
和大理寺主要负责复核判决不同，纠察在京刑狱司主要负责对司法过程进行监督，在京的司法机构需要定期向其汇报断案禁囚的情况。同时，纠察在京刑狱司还可以主动索取卷宗进行审查，即有权“逐处断徒以上罪，于供报内未尽理及淹延者，并追取案牍，看详驳奏。”
而且纠察在京刑狱司都是皇帝亲信，为了确保纠察在京刑狱司的权力能够不受除皇帝以外的其他人员干扰， 还赋予纠察在京刑狱司随时面见皇帝的权力，即：“纠察刑狱官，如有公事上殿， 即赴内殿起居，仍免常朝”。这也表明，纠察在京刑狱司不受其他任何机构管辖， 只需要对皇帝负责。
当然依靠别人不如靠自己，作为皇帝，赵佶也有自己制衡置勘院的手段，就是录囚。
所谓录囚，就是皇帝和政事堂宰执亲自讯察囚犯、平反冤狱、梳决淹狱、宽宥罪犯的一项综合性的司法制度。录囚的判决是最终判决，不可更改。
所以赵佶对诸位臣子们说道：“本案经置勘院审断后，吾与政事堂宰执们录囚决狱。”赵佶决定先把事情说开，表明立场，这个案子若是置勘院的审理没有让赵佶满意的话，赵佶就要动用皇帝的权力，亲自录囚，审断此案。
吕惠卿说道：“官家，不若置勘院审断后，先三司推事，再报圣裁！”
赵佶当然知道吕惠卿的意思，相较于置勘院的封闭审理，三司推事政事堂就可以施加影响了，若是有不满意的，政事堂在三司推事阶段就发回置勘院，免得赵佶直接和臣子冲突，这样最好不过了。